Vysoká rozmanitost živočišných druhů je dána širokým spektrem přirozených stanovišť, kterým České středohoří vyniká. Nejzajímavější zástupce bychom našli mezi bezobratlými, zvláště mezi hmyzem a měkkýši, ale za pozornost stojí i někteří obratlovci. Zejména ještěrka zelená, vydra říční, čáp černý, bobr evropský a mihule potoční. Více než 160 druhů živočichů patří mezi zvlášť chráněné, z toho je 39 kriticky a 66 silně ohrožených.

Fauna Českého středohoří není zdaleka tak podrobně prozkoumána jako flóra. To je dáno především obrovským počtem bezobratlých živočichů. Zkoumání některých jejich skupin je teprve v počátcích.

Stejně jako v případě flóry, i faunu Českého středohoří obohatily doby ledové o severské, chladnomilné organismy, které se po následném oteplení a ústupu kontinentálního ledovce udržely na určitých lokalitách dodnes, a to díky existenci velmi specifických podmínek na stanovištích. Klasickým případem jsou podmrzající sutě. Ke zvláštnostem Českého středohoří také náleží společný výskyt teplomilných druhů středomořského původu a chladnomilných, ve střední Evropě horských druhů původu severského.

Podobně jako u rostlinstva také k současnému stavu fauny Českého středohoří přispěl významnou měrou člověk. Hlavně odlesňováním a souběžným zakládáním polí, pastvin, sadů, vinic a lomů. Způsobil tak nebývalé rozšíření druhů původně vázaných na plošně velmi omezené přirozené bezlesí stepí. Na druhé straně zásahy do vodních toků, nadměrné užívání chemických prostředků v zemědělství a lesnictví, převádění listnatých lesů na cizorodé a především jehličnaté monokultury vedly často k drastickému snížení biologické rozmanitosti na některých územích.Toto je prostor pro text o charakteristice živočichů.​​​​​​

Nutrie říční
Veverka obecná
Veverka obecná 2