V rámci chráněné krajinné oblasti je vyhlášeno 43 chráněných území s přísnějším režimem ochrany (5 národních přírodních rezervací, 8 národních přírodních památek, 12 přírodních rezervací a 18 přírodních památek). Vyhlášení několika dalších je v různých stupních přípravy.

Řada přírodních rezervací či památek v Českém středohoří byla chráněna ještě před vyhlášením CHKO.

Národní přírodní rezervace zahrnují v Českém středohoří menší území mimořádných hodnot, kde se jsou provázany vyjímečné geologické nebo geomorfologické jevy s cennými přírodnimi prostředími. Význam a jedinečnost takových území přesahuje národní měřítko. V kategorii národní přírodní rezervace se nachází 5 území o celkové ploše 185,62 ha.

Do kategorie přírodní rezervace je zařazeno 12 lokalit o celkové rozloze 202,05 ha. Přírodní rezervace se rozprostírají na menších útvarech, kde se soustřeďují příklady přírodních hodnot a ekosystémů typických a významných pro příslušnou geografickou oblast.

Národní přírodní památky a přírodní památky jsou přírodní útvary menší rozlohy, zejména geologické či geomorfologické útvary, naleziště nerostů nebo vzácných či ohrožených druhů ve zbytcích cenných přírodních stanovišť. Tato území jsou významná nejen z hlediska ekologického, ale i vědeckýho či estetického. Krom přírody, formoval tyto útvary svou činností i člověk. V Českém středohoří naleznete 18 míst chráněných v kategorii přírodní památka. Tato místa zaujímají plochu 201,10 ha. Dále 8 území zařazených v kategorii národní přírodní památka. Ty se se rozkládají na celkové ploše 63,85 ha

Celková plocha těchto území v CHKO České středohoří je 652,62 ha, tj. cca 0,61 % plochy z její celkové rozlohy.