Mezi důležité nástroje ochrany přírody patří územní systém ekologické stability (ÚSES). Jeho účelem je zachování existence volně žijících organizmů v krajině v areálu jejich přirozeného rozšíření. To je zajišťováno soustavou přírodních, či přírodě blízkých ekosystémů, která volně žijícím organizmům zajišťuje možnost reprodukce či migrace.

Skladebné části ÚSES jsou:

Biocentrum - enkláva biotopu nebo více biotopů v krajině (např. část toku s přilehlou nivou, mokřad, les, suchá stráň).

Biokoridor - propojení mezi biocentry, např. vodní tok s nivou, mez, lesní linie, stromořadí.

Interakční prvek - doplňující prvek ÚSES, usnadňující interakci organizmů se sousedními méně stabilními společenstvy.

Podle územní důležitosti rozlišujeme ÚSES nadregionální, regionální a místní (lokální). ÚSES bývá součástí územních plánů, čímž se stává pro veřejnost závazným. Majitelé či uživatelé pozemků, na nichž se nachází prvek ÚSES nebo s ním bezprostředně sousedí, nesmí svou činností ohrozit jeho funkčnost.

Díky členitému terénu krajiny CHKO České středohoří a její zachovalosti, mohlo být při tvorbě územního systému ekologické stability v naprosté většině využito krajinných prvků v jejich stávající přírodní podobě. Nové prvky jsou navrženy jen sporadicky, a to většinou ve IV. zóně odstupňované ochrany. Jde především o oblast lounského okresu a jižního okraje chráněné krajinné oblasti v okrese Litoměřice. Zde představuje ÚSES výchozí základnu pro rekonstrukci zemědělskou velkovýrobou vážně narušeného přírodního prostředí. V současnosti jsou nejčastějšími hrozbami funkčnosti ÚSES požadavky na další liniové stavby (komunikace, energovody), oplocování pozemků, expanze výstavby obytných budov do volné krajiny, případně neuvážené zalesňování neobdělávaných ploch. Souhrnný dokument ÚSES na území CHKO České středohoří je postupně zpracováván do plánů v rámci tvorby nových územních plánů obcí.