Na území CHKO bylo vyhlášeno několik památných stromů, chráněných zákonem.
Dub u sv. Jana Nepomuckého
dub letní | ○ 490 cm | ↕ 14 m | ≈ 255 let
Roste u zdi bývalé požární zbrojnice v blízkosti centra Mikulova. Duby podobných rozměrů a stáří se běžně v zastavěných územích nevyskytují, jedná se spíše o parkovou a lesní dřevinu – tento strom je zde velkou raritou. Strom byl vysazen u napajedla a strategického brodu přes potok Hnánice, kde doprovázel sochu sv. Jana Nepomuckého.
Lípa na Brněnské
lípa srdčitá | ○ 240 cm | ↕ 19 m | ≈ 110 let
Stojí na zahradě v ulici Brněnská v Mikulově. Dříve svým umístěním pravděpodobně navazovala na lipovou alej, která lemovala císařskou silnici směrem od Brna a označovala příjezdovou silnici a vstup do města.
Lípa u hrobky
lípa velkolistá | ○ 245 cm | ↕ 14 m | ≈ 65 let
Roste v Mikulově za Dietrichsteinskou hrobkou na místě dřívějšího domu. O tento strom se po celou dobu starala paní Anděla Němečková, která jej jako vzrostlou zapěstovanou sazenici v 60. letech minulého století vysadila. Za dobrou vitalitu a bujný růst strom pravděpodobně vděčí dostatku podzemní vody, jelikož roste v blízkosti potoka Hnánice, který je v současné době zatrubněn a veden pod terénem.
Platan javorolistý
○ 530 cm | ↕ 32 m | ≈ 170 let
Roste v Mikulově na křižovatce ulic Pod platanem a Vídeňské. Byl vysazen na místě zahrady u průčelí domu patřícího rodu Dietrichsteinů. U silnice vedle stromu se nachází jeden z původně nejvydatnějších mikulovských pramenů, tzv. Herringbrunnen, který je dodnes činný a zajišťuje stromu dostatek vody a tím i dobrou vitalitu.
Věstonická oskeruše
jeřáb oskeruše | ○ 320 cm | ↕ 17 m | ≈ 130 let
Roste mezi obcemi Pavlov a Dolní Věstonice a je výjimečná svým vzrůstem i věkem. Podle tvaru koruny lze usuzovat na solitérní růst na okraji louky v mladším věku. Později strom obklopil lesní porost. Plodí poměrně nepravidelně, avšak v plodných letech bývá úroda vysoká (až 500 kg ovoce). Semena jsou cenným zdrojem sadebního materiálu, který je využíván pro posilování populace jeřábu oskeruše na Pálavě a v okolí.
Klentnická lípa Sv. Jana Nepomuckého
lípa velkolistá | ○ 400 cm | ↕ 16 m | ≈230 let
Roste u sochy, podle níž dostala svůj název. Strom byl vysazen v roce 1791 při instalaci sochy sv. Jana Nepomuckého na místě zaniklé kaple sv. Jiří. Původně zde byly vysazeny dvě lípy, z každé strany kaple jedna.
Svatofloriánská lípa
lípa velkolistá | ○ 245 cm | ↕ 12 m | ≈ 125 let
Byla vysazena 31. července roku 1895 duchovním otcem Josefem Mahrem na návsi nedaleko kostela sv. Rosalie v Horních Věstonicích u příležitosti první sloužené mše svaté místního duchovního Františka Halbedla. Pod lípou stojí socha světce, který jí dal jméno.
