Les v CHKO.Lesy v CHKO Moravský kras jsou rozděleny do čtyř zón ochrany přírody, které se liší přístupem k hospodaření.

V I. zóně je zařazeno 1375 ha. Jsou to převážně lesy ve vybraných zvláště chráněných územích a některé další lesní porosty převážně charakteru lesa ochranného. Prioritně jsou zde uplatňovány zájmy ochrany přírody, vybrané porosty jsou ponechány samovolnému vývoji, bez přímých zásahů člověka. V ostatních porostech I. zóny jsou prováděny takové zásahy, které směřují k úpravě druhové skladby, prostorové a věkové struktury lesních porostů do stavu, který umožní postupnou obnovu jejich přirozených funkcí. Lesnickou činnost v této zóně lze charakterizovat jako péči o lesní společenstva, nikoliv jako skutečné hospodaření.

Ve II. zóně se nachází 3550 ha lesů. Jsou zde zahrnuty převážně lesy s druhovou skladbou blízkou přirozené (listnaté či smíšené porosty), genová základna listnatých dřevin ve střední části chráněné oblasti a lesní porosty, kde jsou jiné důležité zájmy ochrany přírody (výskyt významných krasových jevů apod.). Zde se uplatňuje funkčně integrované hospodářství, v závislosti na přírodních podmínkách spojujících zájmy ochrany přírody s ostatními funkcemi lesa včetně funkce produkční. V porostech s přirozenou skladbou jsou používány přírodě blízké postupy hospodaření, zaměřené zejména na podporu a maximální využití přirozené obnovy lesa, udržení přijatelné věkové a prostorové diferenciace porostů a zachování druhové skladby lesa. V porostech s nevhodnou druhovou skladbou (smrkové monokultury) se hospodaří s cílem postupné přeměny druhové skladby lesa ve prospěch listnáčů, zejména buku a dubu.

Ve III. zóně je jen 1213 ha lesa a je zde upřednostňována produkční funkce vázaná na uplatňování základních ekologických požadavků (trvale udržitelné lesní hospodářství). Zejména se jedná o zajištění celkové stability porostů a minimální podíl melioračních dřevin v porostech s převahou smrku.

V roce 2019 byla nově vyhlášena IV. zóna, kam spadá 2,5 ha lesů.