Charakter půd v Moravském krasu závisí zejména na horninách, na nichž jsou vyvinuty. Půdy na vápencích jsou spíše těžší, obsahují množství vápencového štěrku, mělké a chudé na vodu, minerálně bohaté. Typicky jsou zachovány na svazích žlebů, kde je obohacují a zmlazují neustále opadávající úlomky. Typicky na nich rostou společenstva s pěchavou vápnomilnou a suťové lesy s bohatým podrostem kyčelnic či bažanky.

Často hluboko pod povrchem najdeme fosilní půdu terra rossa – ta se tvořila v dobách teplého a vlhkého klimatu v třetihorách zvětráváním vápence.

Půdy na vyvřelých horninách jsou lehčí, písčité a písčito-hlinité, typu hnědých lesních půd.

V místech vysoko položené hladiny podzemní vody (v okolí vodních toků) se nacházejí glejové půdy.