Podle zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny se „hospodářské využívání chráněných krajinných oblastí provádí podle zón odstupňované ochrany tak, aby se udržoval a zlepšoval jejich přírodní stav a byly zachovány a vytvářeny optimální ekologické funkce těchto území“.
V CHKO Beskydy byly dle přírodních a krajinářských hodnot vymezeny 4 zóny odstupňované ochrany přírody. Vymezení zón CHKO Beskydy bylo schváleno dne 7. 7. 1999 Ministerstvem životního prostředí ČR. Základní ochranné podmínky CHKO včetně jednotlivých zón jsou stanoveny zněním § 26 zákona 114/92 Sb. o ochraně přírody a krajiny v platném znění.

I. zóna

tvoří 5,6 % rozlohy CHKO - jsou zde zařazeny přírodě blízké nebo člověkem málo pozměněné ekosystémy udržované v žádoucím stavu vhodnou péčí (managementem) nebo ponechané samovolnému vývoji. Převážně se jedná o přírodě blízké lesní ekosystémy nebo luční ekosystémy s výskytem zvláště chráněných druhů. Jde zejména o zvláště chráněná území nebo jejich návrhy a nejhodnotnější části nadregionálních a regionálních biocenter ÚSES (územní systém ekologické stability). 

II. zóna

tvoří 39,4 % rozlohy CHKO - zahrnuje zejména málo pozměněné lesní porosty a ucelené extenzivní polopřirozené louky a pastviny s vysokou druhovou rozmanitostí často s výskytem zvláště chráněných druhů organismů. Spíše výjimečně je zařazena rozptýlená zástavba s dochovanými prvky původní architektury a okolní krajina s mozaikovitou strukturou a bohatě zastoupenou nelesní zelení. 

III. zóna

tvoří 50,4 % rozlohy CHKO - zahrnuje člověkem pozměněné ekosystémy, které jsou běžně hospodářsky využívané. V lesích jsou to zejména hospodářské lesy s výrazně pozměněnou druhovou skladbou (až monokultury) a na zemědělské půdě zejména intenzivní louky a pastviny s rozptýlenou zelení a zástavbou. Ze sídelních útvarů jsou zařazeny menší obce nebo jejich části bez rozvojových tendencí a rekreační aktivity. III. zóna spojuje území v CHKO v jeden celek s charakteristickým rázem. 

IV. zóna

tvoří 4,6 % rozlohy CHKO - zaujímá většinou souvisle zastavěná území a spíše výjimečně také intenzivně obhospodařované větší celky zemědělských pozemků.